機内持ち込み手荷物のチェックインは、セルフトランスファーのフライトに影響しますか？

はい。乗り継ぎ便に進む前に手荷物を受け取る必要があるため、機内持ち込み手荷物を預け入れると、乗り継ぎ便に影響が出る可能性があります。